Este santuario de fauna y flora, que comprende la isla de Malpelo (350 ha.) y la zona marítima circundante (857.150 ha), se halla a 506 km del litoral colombiano. Su vasto parque marino, que es la zona de pesca prohibida más extensa de toda la zona tropical del Pacífico Oriental, constituye un hábitat de importancia vital para toda una serie de especies marinas en peligro de extinción a nivel mundial. 
Asimismo, es una importante fuente de nutrientes y, por lo tanto, una zona de gran acumulación de biodiversidad marina. La isla de Malpelo es, en particular, un santuario para meros gigantes, peces voladores y especies raras de tiburones. Su costa está considerada como uno de los más extraordinarios sitios del mundo para el buceo, debido a la excepcional belleza de sus abruptos acantilados y grutas. Además, sus aguas profundas sirven de refugio a un número considerable de especies pelágicas y grandes depredadores marinos, cuyo comportamiento natural permanece inalterado en este medio ambiente protegido.
Malpelo posee costas acantiladas de formación volcánica, que emergen desde más de 4000 m de profundidad. Comprende cerca de 35 ha de superficie emergida; la isla principal tiene 1643 m de largo, un ancho máximo de 727 m y una altura máxima sobre el nivel del mar de 360 msnm, en el cerro de la Mona. Está rodeada por 11 islotes de tamaño pequeño distribuidos así: 3 en el extremo norte conocidos como «Los Mosqueteros» (Athos, Porthos, Aramis y D'Artagnan), 2 en el oriente llamados Vagamares y La Torta, 5 en el extremo sur conocidos como La Gringa, Escuba, y «Los Tres Reyes» (Saúl, David y Salomón).
En cuanto a la fauna, su aislamiento ha favorecido la aparición de endemismos. Malpelo posee varias especies de animales endémicos, como el cangrejo terrestre, la lagartija de Malpelo, el lagarto punteado y el gecko.
En Malpelo, está la colonia de nidificación de aves marinas más grande de Colombia, con una población total cercana a los 80.000 individuos. Se han reportado unas 60 especies de aves, tales como el alcatraz de Nazca, el piquero enmascarado, el piquero patirrojo, las tiñosas común y negra, el gaviotín níveo, la fragata rabihorcada y la gaviota de las Galápagos.
Se han encontrado en Malpelo 395 especies de peces. La mayor parte son peces de arrecife rocoso y coralino. Se pueden observar grandes concentraciones de tiburones, entre ellos el tiburón martillo y ballena, así como un grupo de tiburones de las profundidades.También se han encontrado reptiles (principalmente tortugas marinas) y mamíferos marinos. La biomasa presente, es suficiente para alimentar a una colonia establecida de forma permanente de aproximadamente 20 delfines.
En 1995 el Gobierno de Colombia declaró a Malpelo como un área protegida en la categoría de Santuario de Fauna y Flora (SFF), y en el año 2002 fue reconocida como "Zona Marina Especialmente Sensible" ante la Organización Marítima Internacional (OMI); en ese año el área protegida fue ampliada y realinderada. El 12 de julio de 2006, la isla de Malpelo fue declarada Patrimonio de la Humanidad por la Unesco.
Categoria de bienes: Bienes Naturales 